Το βράδυ της 26ης Σεπτεμβρίου 1986, οι Metallica ταξίδευαν περιοδεύοντας για την προώθηση του “Master of Puppets” στη Σουηδία, όταν ο μυθικός μπασίστας Cliff Burton και ο κιθαρίστας Kirk Hammett τράβηξαν κάρτες για να διαλέξουν ποιος θα κοιμόταν σε μια από τις κουκέτες του λεωφορείου. Ο μπασίστας τράβηξε τον άσο μπαστούνι και διάλεξε την κουκέτα που κανονικά είχε ο Hammett.
Τις πρώτες πρωινές ώρες της 27ης Σεπτεμβρίου 1986, λίγο πριν τις 7 π.μ., τα μέλη της μπάντας ξύπνησαν απότομα όταν το λεωφορείο άρχισε να κινείται απότομα από τη μια άκρη του δρόμου στην άλλη. Ο οδηγός αργότερα είπε στις αρχές ότι έχασε τον έλεγχο του λεωφορείου όταν προσέκρουσε σε ένα κομμάτι μαύρου πάγου. Τότε το λεωφορείο έφυγε από το δρόμο, αναποδογύρισε στο πλάι, και ο Burton που κοιμόταν στην άτυχη κουκέτα, πετάχτηκε από το παράθυρο. Καθώς το λεωφορείο γύρισε, προσγειώθηκε πάνω στον 24χρονο μουσικό.
Σύμφωνα με πληροφορίες, έγιναν προσπάθειες να τον τραβήξουν από το λεωφορείο σηκώνοντάς το με γερανό, αλλά ο γερανός γλίστρησε και το λεωφορείο έπεσε στο σώμα του Burton για δεύτερη φορά. Τα μέλη του συγκροτήματος και οι θεατές έχουν δώσει διαφορετικές ερμηνείες για το εάν ο Burton πέθανε κατά την πρώτη πρόσκρουση ή όταν το λεωφορείο έπεσε ξανά, αλλά ο πολλά ταλαντούχος μουσικός πέθανε επί τόπου.
Στην απέναντι πλευρά του ωκεανού, στο Los Angeles, ο Dave Mustaine μαθαίνει το δυσάρεστο νέο από ένα τηλεφώνημα μιας κοινής φίλης, της “Metal” Maria Ferrero (αρχικά δούλευε στη Megaforce, και γρήγορα δραστηριοποιήθηκε στον μουσικό τύπο με αντικείμενο το metal). Αμέσως κατευθύνεται στο κέντρο της πόλης και αγοράζει ηρωίνη. Δεν μπορεί να συγκρατήσει τα δάκρυά του. Μαζί με τη συντριπτική του λύπη, βγήκε και μια έκρηξη οργής απέναντι στους πρώην συμπαίκτες του: “γαμημένοι, ξέρετε ότι είμαστε όλοι αδέρφια σε ένα συγκρότημα και αυτός πεθαίνει και βάζετε κάποιον άλλο να με πάρει τηλέφωνο;”
Σε μια πολύ άσχημη, πιεσμένη και μπερδεμένη κατάσταση, ο Mustaine έγραψε το “In My Darkest Hour” σε μια πρόβα, ορμώμενος από τον θάνατο του Burton. Ταυτόχρονα, άρχισε να γράφει και τους στίχους, όσο πιο γρήγορα μπορούσε, με οδηγό το ένστικτο και την αυθόρμητη οδύνη του. Μετά το πέρασμά του από τους Metallica, ο Mustaine εξακολουθούσε να θεωρεί καλό φίλο του τον Burton, και θυμόταν ακόμα με αγάπη να πηγαίνουν μαζί με το αυτοκίνητο στις πρόβες ακούγοντας Lynyrd Skynyrd και καπνίζοντας κάνναβη.
Ο θάνατος του Burton ήταν η έμπνευση για αυτό το τραγούδι, αλλά οι στίχοι δεν αφορούν άμεσα τον ίδιο, καθώς το περιεχόμενο έχει να κάνει με την πίστη στους φίλους και την στήριξη στις δύσκολες ώρες που χρειάζονται. Ο Mustaine δεν είχε μεγάλη υποστήριξη από την οικογένειά του και επίσης ένιωσε προδομένος από τους Metallica όταν τον έδιωξαν από το συγκρότημα. Ήταν και αυτός ένας τρόπος για τον ίδιο να εκτιμήσει τη σχέση του με τους φίλους των Megadeth, οι οποίοι του έδειξαν την υποστήριξη που δεν είχε σαν παιδί.
Το τραγούδι δεν έχει αίσιο τέλος, αλλά πολλοί ακροατές των Megadeth το βρήκαν πολύ χρήσιμο και υποστηρικτικό για να περάσουν από δύσκολες στιγμές, καθώς είναι ένα είδος παρηγοριάς να ξέρει κανείς ότι έχουν περάσει τέτοιες δύσκολες και σκοτεινές περιόδους και άλλοι.
Η τελευταία φορά που ο Mustaine μίλησε με τον Cliff ήταν σε μια παράξενη εμφάνιση στην οποία είχε πάει: “αυτοί οι τύποι εξακολουθούσαν να νιώθουν πως απειλούνται από εμένα, οπότε δεν θα έπαιρνα ποτέ μια backstage card. Πάντα έπαιρνα ένα πάσο μετά το σόου, το οποίο μάλλον ήταν γελοίο. Έτσι, όποτε πηγαίναμε στις συναυλίες, εγώ και ο Ellefson τους βλέπαμε από το κοινό και μετά ήμασταν καλεσμένοι όπου κι αν γλεντούσαν. Δεν ήθελα να πάω σε ένα πάρτι. Ήθελα να έρθω να δω τους φίλους μου και να κάνω παρέα. Αλλά υποθέτω ότι δεν είμαστε φίλοι. Η τελευταία φορά που μίλησα με τον Cliff ήταν πιθανώς σε ένα από εκείνα τα σόου που είχαν κάνει στις Ηνωμένες Πολιτείες”.
Υπάρχει όμως ακόμα ένα σημαντικό πρόσωπο στη ζωή του Mustaine, που καιροφυλακτεί στη διάθεση και τους στίχους του “In My Darkest Hour”. Η “πιο σκοτεινή ώρα” στο τραγούδι είναι αυτός που συνειδητοποιεί πως είναι μόνος. Οι στίχοι είναι για την Diana, τη μούσα του, την ίδια γυναίκα με την οποία έβγαινε όταν είχε γράψει το “Loved to Deth”. Έγραψε τα “Tornado of Souls”, “Trust”, “This Was My Life”, “99 Ways to Die”, όλα επίσης για εκείνη. Ήταν πέρα από τη γυναίκα του, με την οποία έχει δηλώσει πολύ ερωτευμένος, ο μοναδικός άλλος άνθρωπος που έχει πάει πραγματικά σε αυτό το βάθος στην καρδιά του: “και νομίζω ότι όλοι έχουμε αυτό όταν έχουμε μια σχέση με κάποιον που πραγματικά ερωτευόμαστε, αλλά δεν διαρκεί απαραίτητα πάντα”.
Το βίντεο για το τραγούδι σκηνοθέτησε η Penelope Spheeris, η οποία αργότερα θα σκηνοθετήσει και την ταινία “Wayne’s World”. Η Spheeris χρησιμοποίησε το τραγούδι στο ντοκιμαντέρ της του 1988, “The Decline Of Western Civilization Part II: The Metal Years”.
Την πρώτη φορά που το έπαιξαν ζωντανά, οι γονείς του Cliff ήταν παρόντες στη συναυλία. Ενώ μπορούσε να το αντέξει στο στούντιο και στις πρόβες, με αυτούς εκεί, ήταν απλά αδύνατο να το ξεπεράσει. Δεν ξέρεις καν από πού προέρχονται αυτά τα συναισθήματα. Είναι σαν να αναρωτιέσαι άξαφνα αν πραγματικά έχεις αυτά τα συναισθήματα. Ξαφνικά κάνεις ένα τραγούδι και δεν μπορείς καν να το ελέγξεις: “δεν είχα πραγματικά την ευκαιρία να πω αντίο. Δηλαδή, δεν ήξερα καν πού ήταν θαμμένος. Αλλά θα τον δω στον παράδεισο. Αυτό είναι το ωραίο. Τουλάχιστον αυτό πιστεύω”.
